A Justiça Federal obrigou a União a investigar irregularidades apontadas pela Controladoria Geral da União (CGU) no Programa Bolsa Família em Santo Amaro, no recôncavo baiano. O Ministério Público Federal (MPF) moveu uma ação contra a União para investigar o caso. De acordo com a decisão, a União ainda deverá apurar o pleno funcionamento da instância de controle social do programa na cidade e averiguar a prestação de contas dos recursos passados ao município nos últimos cinco anos. A decisão ainda estende os efeitos da investigação para todo o país, sempre que o MPF, a CGU e o Tribunal de Contas da União (TCU) apontem ineficiência ou deficiência da instância de controle social ou indícios de irregularidades na execução ou prestação de contas do Bolsa Família. Isso porque o Ministério do Desenvolvimento Social e Combate à Fome (MDS), responsável pelo programa, alegou não ser de sua competência fiscalizar diretamente as instâncias de controle social e avaliar a correta aplicação dos recursos descentralizados ao município, e entendeu ser obrigatório o repasse dos recursos aos municípios. Na ação, o MPF afirmou que a União deve sim fiscalizar os recursos, ainda que a execução do programa seja descentralizada. Em 2008, a CGU constatou irregularidades no Bolsa Família em Santo Amaro, como a não localização de beneficiários cadastrados, cadastros escolares de crianças não reconhecidas pelas respectivas unidades de ensino; inconsistência entre os registros de presença das escolas e o relatório de frequência escolar; emissão de 66 cheques pela prefeitura, a partir dos recursos do programa, sem a comprovação dos gastos, entre outras. De acordo com a ação, a União deveria ter bloqueado as transferências ao município e adotado as providências para a devolução dos recursos cuja aplicação nos fins previstos pelo programa não foi comprovada.
